ماده ۶۷ آیین‌نامه اجرایی مواد ۲ و ۱۷ قانون حمایت از حقوق پدیدآورندگان نرم افزارهای رایانه ای مصوب ۱۳۸۳/۰۴/۲۱
وظایف و اختیارات رئیس سازمان به شرح زیر است: ۱- رئیس سازمان بالاترین مقام اجرایی و اداری سازمان بوده و نمایندگی سازمان در مراجع ملی و بین‌المللی را به عهده دارد. ۲- مسئو‌ل اجرای مصوبات شورای مرکزی است. ۳- نظارت بر عملکرد دبیرخانه و تهیه پیشنهادها و توصیه‌های لازم به منظور تحقق اهداف مندرج در قانون و ارائه آن به شورای مرکزی. ۴- نظارت بر عملکرد نظام‌های استانی با هماهنگی شورای مرکزی به منظور حسن جریان امور و حفظ حقوق، منافع، حیثیت و شئو‌نات حرفه‌ای. ۵ - پیشنهاد تعیین دبیر کل. ۶- افتتاح جلسات هیات عمومی در مواقعی که دعوت کننده شورای مرکزی است. ۷- ابلاغ دستورالعمل‌ها، مصوبات و بخشنامه‌های مربوط به فناوری به نظام مهندسی استان‌ها. ۸ - انجام سایر وظایفی که از طرف هیات عمومی یا شورای مرکزی به رئیس سازمان محول می‌شود و همچنین وظایفی که به منظور اداره نظام ضروری است. ۹- امضا مکاتبات عادی و اداری نظام.