ماده ۳۹ آیین‌نامه اجرایی قانون بخش تعاونی اقتصاد جمهوری اسلامی ایران مصوب ۱۳۷۱/۰۵/۱۴
(الحاقی ۱۳۹۲/۰۱/۱۸) به منظور نظارت بر اتاقهای تعاون، وزارت از اختیارات زیر برخوردار است: ۱ بررسی پیشنهادهای مربوط به تشکیل اتاقهای تعاون استانها و شهرستانها جهت تأیید ضرورت و یا اعلام کتبی رد با ذکر علت، موضوع ماده (۵۷) قانون. ۲ بررسی پیشنهادهای مربوط به اساسنامه‌ها و آیین‌نامه‌های اتاقهای تعاون جهت تصویب نهایی وزیر تعاون، موضوع بند «الف» تبصره (۱) ماده (۵۹) قانون. ۳ بررسی مدارک مربوط به تشکیل اتاقهای تعاون، اساسنامه‌ها، نام اعضای مجمع نمایندگان، اعضای اتاقها، هیئت مدیره، هیئت بازرسی، صاحبان امضای مجاز و تغییرات آنها، جهت تطبیق با مقررات و ثبت در وزارت و انتشار موارد ثبت شده در روزنامه رسمی کشور. ۴ تعیین یک عضو از هیئت بازرسی هر اتاق تعاون برای انجام وظایف موضوع ماده (۶۳) قانون. ۵ اخذ و بررسی گزارشهای سالانه، نوبتی و موردی واصل شده از هر یک از بازرسان و هیئت بازرسی هر اتاق تعاون و انجام اقدامات لازم. ۶ اخذ و بررسی گزارش عملکرد و صورت‌های مالی و در صورت لزوم انجام حسابرسی. ۷ اخطار توقف عملیات خلاف مقررات و دستور اصلاح آن. ۸ اعلام موارد تخلف به مراجع ذی‌ربط و طرح شکایت در مراجع قضایی. ۹ اخطار در خصوص لزوم تطبیق اساسنامه و آیین‌نامه‌های داخلی با مقررات مربوط. تبصره ۱ (الحاقی ۱۳۹۲/۰۱/۱۸) نحوه ارائه گزارشهای مالی و عملکرد اتاقهای تعاون و حسابرسی آنها مطابق دستورالعمل تبصره (۱) ماده (۳۶) این آیین‌نامه خواهد بود. تبصره ۲ (الحاقی ۱۳۹۲/۰۱/۱۸) نظارت بر انتخابات اتاقهای تعاون طبق فصل چهارم این آیین‌نامه صورت می‌گیرد.